这款超算不仅有强悍无比的硬件，更有神通广大的操作系统支持。它采用了国产系统神威睿思（RaiseOS 2.0.5），基于Linux开源代码，已经过十多年的磨砺，非常成熟，主要面向高性能计算和通用计算领域。
中国工程院院士陈左宁表示：“在通用计算领域，神威睿思操作系统的主要优势在于自主可控度高和安全性强等方面。我们对Linux系统内核进行了全面的剖析，进行了安全性增强和特殊改造，结合申威处理器自主指令系统特点和国产处理器新增安全特性，极大提升了基础硬件平台和核心软件系统的安全性。”

在谈到RaiseOS 2.0.5的重要用途时，她说到：“神威睿思操作系统主要应用于高性能计算与安全两个领域。产品含括超级计算机和各种集群计算机系统；桌面、服务器类通用操作系统，以及网络安全防护、主机安全防护、数据安全防护、安全管理等网络安全类的定制操作系统。”由此可见，神威睿思系统适用范围相当广泛，不仅可用于超算级别的服务器，还可用于个人桌面，并且安全性极高，可定制性强，有很大的发展潜力。

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